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单细胞组学博士｜埃克塞特用长读长测序，研究如何识别不同细胞类型

项目2529 · University of Exeter · Department of Clinical and Biomedical Sciences.

申请工作台

保存项目，围绕当前机会准备申请。截止日期和资格请以原始公告为准。

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所在国家或地区
英国
申请截止日期
2026-12-08（具体时刻请核对原始公告）
资助信息
MRC 功能基因组学博士培养项目资助，四年制，列出英国学费、2026/27 年每年 £21,805 生活津贴及每年最高 £5,000 研究与培训经费。英国本土学费与国际学费差额问题需结合项目安排确认；该培养项目说明埃克塞特学生无需自行补足 UKRI 资助与国际学费之间的差额。研究与培训经费不属于个人生活津贴。

项目介绍

项目概览

埃克塞特大学与 EMBL-EBI Birney Group 合作开展长读长表观基因组学研究，目标是从混合样本中识别不同细胞类型的甲基化信号，减少对物理分选的依赖。全血含多种细胞，混合测量可能掩盖细胞类型特异的 DNA 甲基化变化。项目计划先分析血液数据，使用约 50,000 份 UK Biobank Oxford Nanopore 长读长基因组数据；访问审批和分批开放时间会影响研究启动。

项目详情

研究将分步进行：在纯化细胞参考数据上评估单条长 DNA 读段的细胞来源分类；整理不同细胞类型和组织的参考甲基组；将通过验证的方法用于队列数据，估计样本细胞组成并构建细胞类型特异的表观遗传图谱；再分析与吸烟、年龄及其他健康/疾病表型相关的甲基化变化。Hannon 与 Mill 的 2024 年预印本已用六类常见血细胞测试读段来源预测，但分类准确度会随细胞类型和基因组区域变化；约三分之一基因组范围内可较可靠地区分淋巴系与髓系细胞。该结果是方法起点，不代表本项目队列或所有组织的效果保证。

项目以计算和数据分析为主，需同时处理分类性能、参考图谱覆盖、不同组织间的泛化，以及细胞比例变化与细胞内部甲基化变化的区分。训练资源包括埃克塞特 ISCA 与区域 ISAMBARD 3 高性能计算集群、可重复研究培训及 DLA 的功能基因组学、统计学、生物信息学和 AI/机器学习课程。需要时可使用长读长测序设施生成参考数据，但具体设备和实验安排未承诺。

研究主要在埃克塞特临床与生物医学科学系开展。项目与 EMBL-EBI Birney Group 合作，但现有材料未确认 EBI 联合导师、日常指导分工、联合学位或单独授位安排。

最接近本课题的方法学前期研究以六类常见血细胞为参照，测试单条长读段来源分类；表现会随细胞类型和基因组区域变化，约三分之一基因组区域可较可靠地区分淋巴系与髓系细胞。该预印本是方法起点，并未在本项目队列、其他组织或全部细胞类型中完成验证。后续表观基因组关联分析需分别评估细胞组成与细胞内部信号，避免将两者混为一类。

申请要点

  • 学历：相关学科至少 2:1 学位或国际同等学历；奖学金页面列出遗传学、分子生物学、生物医学、人类生物学、生物化学、医学/医疗保健、生物信息学、计算机科学和统计学等背景。

  • 能力：需要较强数学和编程能力，对长读长技术感兴趣，并愿意学习细胞生物学；没有指定编程语言或 Oxford Nanopore 平台经验。

  • 材料：成绩单、两页以内简历、两封推荐信、适用时的英语证明及功能基因组学博士培养项目问卷。申请分两个阶段，每人提交一份申请，最多按优先顺序选择三个项目。

  • 资助：四年制，列出英国学费、2026/27 年每年 £21,805 生活津贴参考值及每年最高 £5,000 研究与培训经费。全国培养项目说明，埃克塞特学生无需自行补足 UKRI 资助与国际学费之间的差额；最终覆盖范围仍应写入录取/资助文件。研究与培训经费不是个人生活津贴。

  • 时间：项目资料列 2026 年 12 月 8 日截止，埃克塞特当前奖学金页面列 2027 年 1 月 5 日，项目 PDF 未另列日期；准确适用日期、时刻和时区待确认。回复前宜按较早日期准备。预计 2027 年秋季入学。

  • 数据与预算：UK Biobank 当前暂停新的访问申请，计划于 2026 年末重开。年度报告预计首批 5,000 份高覆盖度基因组于 2026 年稍晚开放，其余数据于 2027 年发布；这不是本项目已获批访问或数据可立即使用的保证。平台计算、存储和数据导出可能产生费用。埃克塞特估算生活成本每月 £1,300–£2,000；按 £21,805 年津贴折算约 £1,817/月，房租、合同和个人支出会改变实际预算。

需要进一步确认

向项目方确认适用的截止日期和截止时刻、UK Biobank 审批与数据分批交付、延迟时的备用数据/首年计划、各组织和细胞类型的验证设计、数据平台费用及其承担方。接受录取前还需确认四年学费覆盖、后续年度津贴、学位注册与授予机构、非全日制选项，以及埃克塞特与 EBI 的正式指导和合作安排。

项目深度调研报告

报告生成记录：。生成日期不代表招聘方确认项目仍开放。

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单细胞组学博士｜埃克塞特用长读长测序，研究如何识别不同细胞类型

快速判断

这是埃克塞特大学一项四年制博士项目，研究全血混合样本中的细胞类型特异性甲基化信号。多种细胞混在一起测量，可能掩盖与疾病有关的 DNA 甲基化变化。博士生将评估单条长 DNA 读段的细胞来源分类方法、建立参考甲基组、把验证后的模型用于队列数据，并开展细胞类型特异性关联分析。项目适合数学和编程基础较强、希望结合长读长测序、统计基因组学与细胞生物学的申请者。

埃克塞特当前奖学金页面列出该项目，并说明由 MRC 资助的四年制博士名额、英国本土学费、2026/27 学年每年 £21,805 的生活津贴参考值，以及每年最高 £5,000 的额外研究与培训经费。埃克塞特所在的全国项目说明，埃克塞特学生无需另行补足 UKRI 资助与国际学生学费之间的差额。有两项安排需尽快核实：项目材料列出的截止日期是 2026 年 12 月 8 日，当前官方奖学金页则为 2027 年 1 月 5 日；UK Biobank 暂停新访问申请，预计于 2026 年末重开。在项目方确认适用日期前，建议按较早的 12 月 8 日准备。对于项目所述约 50,000 个基因组的数据规模，应先向团队确认数据审批、分批发布节点和备用方案，再据此判断它能否成为博士研究的实际起点。项目说明 当前奖学金信息 UK Biobank 数据访问状态

研究问题与博士工作

不同细胞类型的 DNA 甲基化及其他表观遗传模式存在差异。全血样本由多种细胞混合而成，因此观察到的疾病相关信号可能来自某种细胞内部的变化、样本中不同细胞所占比例的变化，或两者兼有。物理分选细胞有助于区分这些影响，但成本较高，也难以扩展到大规模研究。

本项目的核心思路，是利用长测序读段上的甲基化模式，推断每条读段来自哪种细胞。项目列出了四项相互衔接的工作：

  1. 测量读段细胞来源分类的准确度，并判断哪些条件有利于提升预测效果。
  2. 整理不同细胞类型和组织的参考甲基组图谱。
  3. 将验证后的方法应用于队列数据，估计样本细胞组成，并生成细胞类型特异性的表观遗传特征。
  4. 针对吸烟、年龄及其他健康或疾病表型，开展细胞类型特异性的全表观基因组关联研究（EWAS）。

项目说明称，分析将从血液长读长数据开始，并以纯化细胞参考数据集进行基准测试和模型优化。大型数据资源为 UK Biobank 约 50,000 个使用 Oxford Nanopore 长读长技术测序的基因组。UK Biobank 2025 年度报告预计，这批 50,000 人的数据将于 2026 年稍晚向获批研究者开放首批 5,000 个高覆盖度基因组，其余数据则预计于 2027 年发布。这是预期发布安排，并不能证明本项目已获得访问批准，也不代表所有样本届时都能立即使用。项目说明 UK Biobank 2025 年度报告

Hannon 和 Mill 于 2024 年发表的预印本是目前最接近本项目的方法学前期工作。研究以六种常见血细胞类型作为参考，测试如何推断单条读段的细胞来源。作者报告称，分类准确度会因细胞类型和基因组区域而异；在约三分之一的基因组范围内，可以可靠地区分淋巴系与髓系细胞。这为博士研究提供了具体起点，同时也说明评估效果时应按细胞类型和基因组区域分别报告，而不宜只用一个总体准确率概括。该研究仍是预印本，应视为初步证据，而非已在本项目队列或所有细胞类型中验证的保证。Hannon 与 Mill，2024 年预印本

关键技术问题包括：参考图谱需要覆盖多少细胞类型；读段长度和测序深度如何影响分类；如何校准不确定的归属结果；以及怎样区分细胞组成变化与细胞内部甲基化变化。项目说明尚未列出确切的细胞类型面板、性能阈值、表型清单或备用数据集。从纯化细胞参考基准逐步推进到大队列分析，在研究设计上是合理的，但数据访问和验证方案是判断可行性的关键。

学校、项目与领域背景

项目的主要机构为埃克塞特大学临床与生物医学科学系。该系的研究环境覆盖基因组学、表观基因组学、数据科学与 AI、长读长方法、高性能计算及可重复研究。项目说明提到埃克塞特的 ISCA 以及区域性 ISAMBARD 3 计算设施，并列出可重复研究培训。项目还与 EMBL-EBI 的 Birney Group 合作，形成基因组学和长读长方法方面的联系；现有项目信息并未确认联合学位，也未说明 EMBL-EBI 承担单独的学位授予角色。临床与生物医学科学研究 项目说明 Birney Group

埃克塞特大学在 2027 年 QS 世界大学排名中总体位列第 136。QS 2025 年生物科学学科榜将其列为第 99 位。2021 年英国研究卓越框架（REF）评估中，临床医学（UOA1）研究成果有 45% 获评 4 星、48% 获评 3 星；生物科学（UOA5）有 41% 获评 4 星、49% 获评 3 星。这些指标用于了解学校整体和相关学科背景，不代表对本项目或个别学生体验的评价。埃克塞特的生物科学页面也提供了进一步的院系研究背景。埃克塞特排名汇总 QS 生物科学学科排名 REF 2021 结果 埃克塞特生物科学

该奖学金属于英国功能基因组学博士培养项目（Functional Genomics Doctoral Landscape Award），由六家机构参与。项目的 cohort 培训覆盖功能基因组学、统计学、生物信息学、AI/机器学习、研究诚信、领导力、公众参与及职业发展。官方项目说明还表示，埃克塞特学生无需补足 UKRI 资助与国际学费之间的差额。现有项目材料未明确具体注册安排，也未说明本项目能否按非全日制就读；应书面确认学位授予机构及学习模式。功能基因组学博士培养项目 埃克塞特奖学金与申请信息

导师与实验室评估

项目指定 Eilis Hannon 为首席导师。埃克塞特学术人员名录将她列为副教授。她的研究结合统计基因组学与计算方法，关注细胞类型特异性的表观遗传变异，并负责可重复研究培训。埃克塞特复杂疾病表观基因组学团队成员包括 Hannon 和 Jonathan Mill。EMBL-EBI 的 Birney Group 涉及 AI 与基因组学，并介绍了 Oxford Nanopore 长读长测序和 DNA 修饰方面的专长。项目确认了与该团队的合作，但未列出 EMBL-EBI 联合导师，也未说明日常指导如何分工。埃克塞特临床与生物医学科学学术人员 复杂疾病表观基因组学团队 Hannon 的研究简介 EMBL-EBI Birney Group

团队近期论文为项目的细胞类型特异性甲基化研究提供了方法背景：

  • 单读段细胞来源预测： Hannon 和 Mill 的 2024 年预印本提出利用甲基化参考数据为单条长读段分类。分类性能随细胞类型和基因组区域变化，因此基准测试与校准将是项目的重要工作。该论文仍为预印本。论文
  • 皮层细胞组成： Hannon 等人 2024 年发表于 BMC Biology 的论文扩展并验证了神经元和胶质细胞亚型参考数据，同时说明在整体组织 EWAS 中考虑细胞组成协变量的必要性。该研究显示团队具备参考图谱和去卷积分析经验，但研究对象是皮层，并非基于血液长读段进行细胞分类。论文
  • 细胞特异性 EWAS 的研究设计： Walker 等人 2025 年的论文由包括 Hannon 和 Mill 在内的团队完成，使用 751 份纯化细胞甲基化样本、统计功效计算和模拟分析比较不同回归方法。该研究与项目后期的关联分析有关，但聚焦纯化皮层细胞群体。论文
  • 发育过程中的甲基化动态： 团队 2025 年的一项研究分析了人类皮层发育期间、不同细胞类型的甲基化变化，显示团队近期持续开展大规模表观基因组分析；不过组织和科学问题与本项目不同。论文

综合来看，团队在甲基化参考方法、细胞组成分析和统计分析方面持续开展研究。但公开资料不能说明博士期间能产生多少测序数据、哪些研究人员会负责日常指导，或学生与 EMBL-EBI 合作者的互动频率。接受录取前，值得进一步确认这些安排。

研究方向、方法与职业背景

长读长方法能够保留同一 DNA 分子上更长范围的甲基化模式，未来或可在无需对所有细胞进行物理分选的情况下提供细胞来源信息。相关研究仍在发展：LongReadAge 将长读长用于细胞类型特异性的衰老研究；对纯化人体细胞建立的甲基化图谱则显示了广泛参考数据的价值。其他方法研究指出，测序覆盖度、读段比对、基因组区域和参考数据选择都可能改变甲基化调用或去卷积准确度。这些论文支持本项目的研究方向，但不意味着所提出的方法在各种组织或表型中都同样有效。LongReadAge 研究 人体细胞甲基化图谱 Oxford Nanopore 甲基化检测基准研究 考虑单倍型的去卷积研究

有价值的研究方向可能包括：确定哪些细胞类型和基因组区域能够支持可靠的读段分类，量化分类不确定性，并测试参考图谱的组成如何影响后续 EWAS。这些方向是基于现有证据提出的可能研究问题，并非额外承诺的项目交付内容。若能在不同人群和测序条件下完成验证，该方法也可能用于未来的大规模队列表观遗传学研究。项目说明未承诺具体论文产出，也未保证除所述数据计划外能够获得特定组织或检测方法。

该博士培养项目提供功能基因组学、统计学、生物信息学和 AI/机器学习等交叉训练，可为学术或非学术领域的统计基因组学、生物信息学、表观基因组学、测序技术、科研软件及生物技术数据科学岗位打基础。Skills England 与英国生命科学办公室预测，2025—2035 年英国生命科学优先职业将新增约 66,000 个岗位，并存在人员替补需求。这是覆盖全行业的预测，不能直接代表计算表观基因组学、某个城市或个人毕业生的就业前景。功能基因组学博士培养项目培训 Skills England 生命科学行业技能评估

资助、申请与生活成本

埃克塞特当前官方奖学金页面列出的截止日期为 2027 年 1 月 5 日，入学时间为 2027 年秋季，资助四年，包含英国本土学费、2026/27 学年每年 £21,805 的津贴参考值，以及每年最高 £5,000 的研究与培训经费。项目材料则列 2026 年 12 月 8 日 截止。由于两处日期不一致，应询问埃克塞特究竟哪个日期适用于本项目；在收到确认前，建议按 12 月 8 日这一较早日期准备。埃克塞特奖学金页面 项目目录

UKRI 公布的 2026/27 年度全日制最低津贴标准同为每年 £21,805；该年度最低学费资助额度为 £5,238，通常最多按本土学费标准提供资助。全国培养项目另有说明，埃克塞特学生无需补足国际学费差额。录取通知书应明确四年期间学费覆盖范围及其适用条件。每年 £5,000 的研究与培训支持是独立的项目经费，不是个人津贴的一部分。UKRI 博士生资助说明 博士培养项目的国际学费政策

埃克塞特估算的基本生活成本为每月 £1,300–£2,000。以每年 £21,805 计算，月均津贴约为 £1,817：比预算下限多约 £517，比上限少约 £183；上述比较尚未计入个人旅行及其他支出。校方列出一处研究生自炊式住宿示例，价格为每周 £124.74，合同期为 44 周；但房源、合同长度和其他账单都会影响总额。这些是预算参考区间，并非个人化预算。埃克塞特生活成本说明 研究生住宿选项

UK Biobank 当前的数据访问页面显示，新申请暂时关闭，计划于 2026 年末重新开放。其 Research Analysis Platform 页面也说明平台目前关闭，并提醒计算、存储及数据导出可能产生费用。建议询问研究团队是否已有批准、计划使用哪一层级的数据及何时发布、访问费用由谁承担，以及访问延迟时的替代方案。UK Biobank 数据访问 UK Biobank Research Analysis Platform

官方奖学金页面要求申请者具有相关专业的 2:1 学位或同等学历，并列出学术成绩单、最多两页的 CV、两封推荐信、适用情况下的英语证明，以及功能基因组学博士培养项目问卷。申请流程分两个阶段；每人可提交一份申请，并按优先顺序选择最多三个项目。项目本身要求较强的数学与编程能力、对长读长生物技术的兴趣，以及学习细胞生物学的意愿。埃克塞特奖学金及申请细节 官方项目说明

申请者匹配与准备

该项目较适合喜欢定量分析、并希望使用测序数据研究生物学问题的申请者。项目将较强的编程和数学能力列为要求，但没有规定必须掌握某种编程语言或 Oxford Nanopore 平台。学生还需要逐步掌握足够的细胞生物学知识，判断参考标签、组织背景和细胞组成估计是否具有合理的生物学意义。

申请材料可以突出一项可重复的分析项目、清晰的统计推理、跨群体或数据质量条件评估模型性能的实例，以及细胞类型分辨率为何有助于甲基化研究的理解。熟悉回归分析、分类校准、版本控制、工作流管理和高性能计算会有帮助，但应将它们作为可展示或需要加强的技能，而非项目未公开列出的正式要求。建议阅读团队的预印本，并准备讨论其分类准确度为何会随细胞类型和基因组区域变化。

下一步与待核实问题

申请前

  • 本项目适用的截止日期究竟是 2026 年 12 月 8 日还是 2027 年 1 月 5 日？准确截止时间和时区是什么？
  • 最终申请阶段和材料有哪些？埃克塞特如何评估海外学历等效性及英语证明？
  • 书面奖学金是否覆盖四年全部国际学费？2026/27 学年之后的津贴标准是多少？

面试时

  • 团队是否已获得 UK Biobank 批准，或已有明确的数据访问路径？博士开始时预计可以使用哪个数据层级和哪些长读长文件？
  • 如果数据访问或发布延迟，第一年会采用什么备用队列或参考数据构建工作？
  • 研究会覆盖哪些组织、细胞类型和甲基组参考数据？如何评估各细胞类型和基因组区域的准确度、分类校准与不确定性？
  • 哪家机构负责正式指导和学位注册？埃克塞特与 EMBL-EBI 的指导如何分工？预期有哪些合作或出行安排？

接受录取前

  • 学生将在哪所机构注册并取得博士学位？本项目是否允许非全日制学习？
  • 每年 £5,000 的研究与培训经费是否单独划拨？UK Biobank 访问、计算、存储、数据导出、测序和会议差旅分别由谁承担？
  • 最终录取文件能否写明四年期间的津贴与学费覆盖，以及任何条件或不包含的费用？

证据与来源

项目与培养项目

导师、团队及方法学论文

机构与学科背景

资助、生活成本、数据访问与职业背景

信息来源

收录来源可能是学校或招聘平台；正式申请入口及最新要求请核对公告与报告中的官方来源。 查看收录来源与申请要求

按研究方向和所在国家或地区整理，优先展示资助类型相近的机会。申请前请核对各项目的最新公告。

University of Exeter · 英国

帕金森病研究博士｜绘制线粒体DNA的化学修饰，探索它们与疾病的关系

MRC FGx-DLA 四年制资助，列出 2026/27 年津贴 £21,805/年（逐年更新）、英国学费及每年最高 £5,000 研究与培训经费。全国项目页说明，埃克塞特国际学生无需自行补足 UKRI 与国际学费之间的差额；仍应确认 6025 项目 offer 的年度费率和其他收费。£5,000 为研究/培训支持，不是生活津贴。

2026-12-08（具体时刻请核对原始公告）

University of Exeter · 英国

AI × 癌症博士｜用机器学习寻找胰腺癌中的基因相互作用，再用实验验证

MRC FGx-DLA 四年制资助，2027 年 9 月入学；可选择非全日制。列有英国学费、2026/27 年最低津贴 £21,805/年和每年最高 £5,000 研究培训与支持经费。全国项目页面说明，埃克塞特国际学生无需补 UKRI 与国际学费差额；2027/28 实际学费及书面条款仍需确认。£5,000 为研究支持，不是生活津贴。

2026-12-08（具体时刻请核对原始公告）

University of Exeter · 英国

基因组学博士｜研究胎盘游离DNA与不良妊娠结局之间的关系

面向英国及国际申请人；学费按Home费率支付。项目摘要列最多4年津贴，奖学金条款列全日制四年；2026/27津贴为£21,805/年，研究与培训支持每年最高£5,000。国际学费差额、2027/28金额和个人资助期限待确认。

2027-01-05（具体时刻请核对原始公告）

University of Exeter · 英国

罕见病研究博士｜用基因编辑和斑马鱼模型，研究NF1基因变异的影响

MRC FGx-DLA 四年资助，可全日制或兼职；英国学费、2026/27 年 UKRI 最低生活津贴 £21,805/年（逐年更新）及最高 £5,000/年研究与培训支持经费。全国页面称埃克塞特获奖者无需补足国际学费差额；个人适用安排应由书面 offer 确认。

2027-01-05（具体时刻请核对原始公告）

University of Exeter · 英国

神经科学博士｜为不同类型的神经元绘制分子图谱，研究大脑发育与疾病

MRC FGx-DLA 四年资助（可兼职）：英国本土学费、UKRI 生活津贴（2026/27 学年每年 £21,805，逐年更新）及每年最高 £5,000 的研究培训与支持经费。全国页面称埃克塞特获奖者无需补足国际学费差额；本地奖项页只列英国学费，个人适用条款应由正式 offer 确认。

2027-01-05（具体时刻请核对原始公告）