ORFeus项目6：微蛋白功能研究的计算蛋白质设计博士

项目概览

ORFeus项目6在荷兰Utrecht的Hubrecht Institute（KNAW）开展，将计算蛋白科学、生物物理和细胞层面的证据结合，开发研究微蛋白功能的工具。主导师Danny Sahtoe，合作导师Owen Rackham来自南安普顿大学；博士在乌得勒支大学Graduate School of Life Sciences（GSLS）注册，由乌得勒支大学授位。研究所是雇佣与研究接收方，不是独立授位大学。

前36个月为全职MSCA带薪雇佣和完整社保，参考税前€3,204–4,051/月。接收方明确承诺在此后按国家博士工资等级继续雇佣，以支持完成学位，但未给固定延续月数，条款在录取时确定。中央截止2026年10月31日23:59 CET，预计2027年3月左右开始，依接收方安排。DC6专属岗位；中央入口

项目详情

小开放阅读框产生的微蛋白逐渐被发现，很多功能尚不清楚，体积小、结构无序也使预测和相互作用证据难以解释。DC6在工作包2连接发现与功能研究，涉及联盟优先的约20个微蛋白；这个范围不保证每个对象均会形成有效工具或生物学成果。

公开研究类别包括计算结构分析与AI蛋白工具、蛋白生化及生物物理表征和细胞层功能证据。AlphaFold3、RoseTTAFold等模型与SEC-MALS、热稳定性、生物层干涉等方法观察不同层次：结构预测不等于物理相互作用，更不等于细胞功能。招聘还列蛋白表达／纯化、定向进化及酵母表面展示等技术类别。

项目与DC10热蛋白质组反馈及DC5细胞研究交换资料，将研究工具资料库、结构模型、表征数据及科学报告提交ORFeome。计算、物理和功能证据的相互检验是研究价值，不能仅按纯编程或单一实验岗位理解。具体对象、起始数据、计算与实验职责比例和可完成的论文贡献须由团队确定。

产业借调约3个月，围绕微蛋白研究工具开展，企业与地点未点名；另有独立学术顾问及可能短期、主要线上的学术交流。ORFeus是Horizon Europe的MSCA博士网络，资助协议101309891，15个相互衔接课题通过学校、工作坊、通用能力培训、国际会议及共享平台协作。Sahtoe组、Rackham组和Hubrecht共享设施是研究背景，不自动保证本岗全部人员、算力或设备时段。

Hubrecht位于Utrecht Science Park，聚焦分子与发育生物学。GSLS归属已明确，具体博士项目仍要与导师约定；多数Hubrecht博士所在的Cancer, Stem Cells & Developmental Biology不能直接当作DC6已分配课程。MyPhD办理正式录取与跟踪，开始后3个月内上传Training and Supervision Agreement（TSA），毕业前至少注册3年。科研诚信训练覆盖第1–4年，课程和雇佣时限分别处理。MyPhD；培养规则

申请要点

• 硕士或同等资格来自生物化学、结构生物学、生物物理、分子／计算生物学、生物工程或相关生命科学。经历条件是蛋白生化／生物物理实践，和／或计算结构预测与蛋白设计研究，不要求每位申请者两侧都已精通。

• AI蛋白工具（如MPNN、AlphaFold、RFdiffusion）、相关蛋白工程、定向进化／酵母展示及生物物理经验属于加分；良好英语、跨学科协作、对微蛋白／暗蛋白质组的兴趣和借调出行意愿仍需展示。准备材料可说明一项既往研究的个人贡献、证据和局限，不另加必须掌握全部工具的门槛。

• 任何国籍可申请。录用时不得持博士，包括已答辩等待授位者；没有博士者的既往研究年限不限。入职前须有正式博士准入学历，外国等值和实际英语证明由UU核定；英语研究环境不等于自动豁免语言证据。

• 流动按荷兰计算：录用前紧接36个月，在该国居住或工作、学习等主要活动不得超过12个月；恰好12个月不算超过。规定的义务兵役、短期度假和难民程序时间不计，不按协调方国家或英国经历一概排除。

• 最多选择并排序3项，每个项目分别提交且都会审理，超出3项使全部无效；登记兴趣不代正式申请。中央备料包括资格技术经历、简短证据、各项目动机、CV、近期正式成绩和简短视频，备2位学术推荐人；短名单收联系人，全面试后要求推荐信。DC6表单曾未加载，不能套用HIPP的300词动机或别岗限制。

• 中央评估为学术40%、潜力动机30%、沟通20%、国际经历10%；指示安排为11月初谈、12月上旬全面研究展示、12月底至1月决定。2026年10月31日23:59 CET截止沿用中央延期；当前受理与完整表单需确认。中央规则

• €3,204–4,051是税前区间，不是净薪或可自行选起薪；生活、流动和家庭补助按资格及本地工资安排，不能再加通用津贴。养老金、带薪休假和搬迁福利待Hubrecht确认；36个月后继续雇佣已承诺，但不能据此自行写成固定4年合同。

• MSCA DN fellows information（2024年6月第2版§6.2）规定博士学费／注册费由雇主RTN经费支付，不向研究员收取；附带学位论文、外部课程、科研及36个月后费用另核。符合注册资格者的GSLS Course Centre课程免费，外部课程需PI预算，不代表全部费用都免。MSCA费用保护；GSLS课程费用

• HIPP2026–27普通轮已于2026年9月15日截止，但并非所有Hubrecht博士都走HIPP；不能用其关闭状态、4年待遇或动机字数替换DC6。Hubrecht为非欧员工提供移民协助，居民／雇员须办理荷兰公共医保，具体许可与开始时间须落实。

• Danny Sahtoe官方邮箱d.sahtoe@hubrecht.eu；Owen Rackham官方邮箱O.J.L.Rackham@soton.ac.uk；Simon Venneman负责网络招聘联系。Sahtoe组；Rackham资料

需要进一步确认

申请前确认荷兰流动、学历、英语证明和表单；面试落实数据、计算／实验比例、指导、具体GSLS项目及产业单位／IP；接受前书面确定36个月后雇佣期限与工资、福利、费用支付、净薪医保、住房押金和借调经费。

Hubrecht ORFeus DC6：计算预测怎样连到微蛋白功能证据

项目价值与关键条件

DC6的价值在于把计算蛋白科学与生物物理证据放在一起，为功能未明的微蛋白开发研究工具。岗位接受相关实验和／或计算经历，关键是能解释预测、物理相互作用和细胞功能之间的差别，并愿意跨学科学习。Danny Sahtoe在Hubrecht接收研究，Owen Rackham从南安普顿大学合作指导，乌得勒支大学通过GSLS培养授位。专属岗位

综合判断为“有吸引力，但需要核实匹配度”。前36个月全职雇佣、参考税前€3,204–4,051/月；接收方另明确承诺继续雇佣支持完成博士，具体时长和工资条款在录取时确定。它不能被写成只有3年支持，也不能自行保证固定4年。中央截止2026年10月31日23:59 CET，预计2027年3月左右开始，按接收方安排。中央申请；专属完成支持

研究问题与博士工作

许多微蛋白功能尚不清楚，小尺寸及无序结构会增加结构和相互作用解释的困难。DC6属于从发现走向功能的工作包2，范围涉及联盟优先的约20个微蛋白，不保证每个对象都会产生有效工具或生物学发现。研究范围

研究层次	具体任务与方法类别	不能混同的证据
计算研究	AI辅助蛋白研究及AlphaFold3、RoseTTAFold等结构模型	预测结果不等于真实折叠或结合
蛋白生化与生物物理	蛋白表达、纯化，以及SEC-MALS、热稳定性、生物层干涉等表征类别	溶液或相互作用证据不等于细胞功能
细胞与网络反馈	与DC10热蛋白质组、DC5细胞研究交换结构及功能资料	不同合作背景不等于已指定本岗靶点
共享成果	向ORFeome提供研究工具资料库、结构模型、表征数据及科学报告	约20个对象不是20项成功结果的承诺

岗位还列定向进化／酵母表面展示等方法类别和相关优先经验，但没有要求申请者预先掌握所有技术。判断可行性时，应讨论起始对象与基础数据、计算和物理证据如何相互校验，以及开发受阻时仍可完成的论文范围，而不只看模型展示。产业借调约3个月，企业与地点未知；另有独立顾问和可能主要线上的短期交流，需问清指导、经费、数据及IP。任务及交流条件

学校、学科与培养

Hubrecht Institute是KNAW在Utrecht Science Park的研究所，负责研究与雇佣接收；乌得勒支大学明确为授位合作方，注册GSLS。南安普顿共同指导不形成英国合同或第二学位，法律雇主和行政联系人仍应写入聘书。工作与接收单位；GSLS

QS2027列Utrecht综合并列113；UU自2023年9月不再主动提交排名数据，外部榜单仍可列它，不能因此说没有排名。尚无适用于计算微蛋白科学的具体数字学科名次；Hubrecht分子／发育及干细胞环境、相关蛋白科学组和GSLS群体更直接，综合名次不等于本所或导师排名。QS口径；校方排名立场

Hubrecht有70多名博士，多数加入Cancer, Stem Cells & Developmental Biology；GSLS列15个英语博士项目、2,000多名候选人。GSLS归属明确，不能把“多数”当作DC6已分配具体项目。本地有TSA、独立研究人员年度反馈、研讨会和buddy支持；MyPhD处理正式录取及跟踪，需荷兰硕士或获认可的外国同等学位、指导团队及1–2位mentor，开始后3个月内上传TSA，毕业前至少注册3年。研究所培养；项目范围；MyPhD

科研诚信训练覆盖第1–4年，承担教学和指导时另有相应训练。2027课程安排变化，不能把旧宣传册总学分套作DC6当前门槛；符合资格的Course Centre课程免费，外部课程另定预算，网络学校和借调提供额外培养。注册训练与雇佣期限分别处理。必修培养；课程费用；网络训练

HIPP2026–27普通轮于2026年9月15日截止，但其说明并非全部Hubrecht博士通过HIPP。它的4年待遇、300词动机及独立选拔不能替代DC6。中国学历由UU正式认定，英语环境不等于语言证明豁免；岗位只列良好英语，未给统一IELTS数字门槛。HIPP边界

导师、论文与研究条件

Danny Sahtoe在NKI的Titia Sixma组完成结构生物学博士，在华盛顿大学David Baker组从事计算蛋白科学博士后，2023年加入Hubrecht，官方邮箱d.sahtoe@hubrecht.eu。Owen Rackham为南安普顿教授，邮箱O.J.L.Rackham@soton.ac.uk，提供计算系统／细胞状态生物学经验。团队有技术员、博士后及博士角色，不代表已为DC6分配个人支持。Sahtoe；Rackham

3项独立研究包括2项Sahtoe参与的蛋白生物物理工作和1项Rackham参与的计算方法工作，不能当作3次独立生物实验复现。解读限于既有首页摘要、书目和有限段落；未完成全文方法、补充材料或完整更正审计。

Danny D. Sahtoe、Florian Praetorius、Alexis Courbet、Yang Hsia、Basile I. M. Wicky、Natasha I. Edman、Lauren M. Miller、Bart J. R. Timmermans、Justin Decarreau、Hana M. Morris、Alex Kang、Asim K. Bera、David Baker的 Reconfigurable asymmetric protein assemblies through implicit negative design，发表于 Science375(6578):eabj7662，DOI10.1126/science.abj7662，2022年1月21日在线及期次。Sahtoe与Praetorius并列第一，Baker负责通讯与研究监督，不能把Sahtoe追认为当时独立组负责人。模型系统说明相关经验，不证明DC6微蛋白功能；一页Research Article Summary的283页不是完整研究的文章号。研究摘要版本

Enrico Rennella、Danny D. Sahtoe、David Baker、Lewis E. Kay的 Exploiting conformational dynamics to modulate the function of designed proteins，发表于 PNAS120(18):e2303149120，DOI10.1073/pnas.2303149120；2023年4月24日在线、5月2日期次。Sahtoe第2／4位并参与研究设计，Rennella和Kay为通讯。构象动态提醒静态预测需要独立物理证据，不能推成本岗必须采用同一系统或测量方法。PNAS研究

Peizhen Bai、Filip Miljković、Xianyuan Liu、Leonardo De Maria、Rebecca Croasdale-Wood、Owen Rackham、Haiping Lu的 Mask-prior-guided denoising diffusion improves inverse protein folding，发表于 Nature Machine Intelligence7(6):876–888，DOI10.1038/s42256-025-01042-6；2025年6月16日在线、6月期次，具体期日未知。Rackham第6／7位，参与指导研究设计，Haiping Lu为通讯。计算基准不等于物理折叠、结合或功能证据。计算方法研究

同文更正DOI10.1038/s42256-026-01209-9于2026年2月24日在线、3月期次，8卷489页。现有证据仅覆盖出版社索引更正段落，不能当作已完整审阅；更正不另计原创研究，也不据此引用受影响数值或设计细节。更正记录

Hubrecht共享成像、流式及2025年SHARCC集群（30块GPU、2,300个CPU线程）是机构资源，不是本岗配额。应确认设备、人员、算力及数据预算和阶段目标。设施

职业方向

本项目的直接职业价值在于连接计算蛋白科学与物理证据，并积累可复现分析和跨学科研究沟通经验。Oncode环境及Rackham与Mogrify衍生企业的联系说明转化接口，不能认定企业就是借调方，也不能据此推导未来职位、就业率或临床成果。Oncode；Rackham资料

资助、国际资格与生活成本

前36个月全职带薪雇佣、完整社保，参考税前€3,204–4,051/月，需扣个人所得税和社保，不能当净薪或自行挑选起薪。生活、流动及家庭补助未拆分，未经HR确认不能重复加到总额上。养老金、带薪休假、搬迁待遇仍待本所确认，不借用别岗福利。专属待遇

接收方已明确承诺36个月后按国家博士标准薪级继续雇佣以支持完成，条款在录取时确定。应把延续时长、金额、全职工时、评估和进级写清，而不套HIPP的固定4年。MSCA DN fellows information（2024年6月第2版§6.2）规定博士学费／注册费由雇主RTN经费承担，不向研究员收费；实施方式及附带学位论文、外部课程、科研和资助期后费用仍应核实。GSLS合资格课程免费是另一训练待遇，不是所有成本豁免。完成承诺；MSCA费用保护；课程费用

任何国籍可申；录用时不得有博士，包括已答辩待授位者，入职前须有正式博士准入学历，本岗另要求相关硕士。没有博士者的既往研究经历没有年限上限。荷兰流动规则是录用前紧接36个月不得超过12个月居住或主要活动，恰好12个月不算超过，规定的短期度假、义务兵役和难民程序除外。Hubrecht移民官协助非欧员工；居民／雇员需荷兰公共医保，申请资格和工作居留分别处理。资格；国际员工安排

UU学生指南给每月€1,000–1,400（不含学费），分项租房含账单€500–1,100、保险€40–110、书籍€65–85、生活€350–450的上限合计可能超过总区间；签证€0–321及安置€500是一次性学生参考，不是2027年雇员报价。应计实际租金、雇员保险、押金及借调住宿。国际博士预留房源有限，Hubrecht雇员资格及HR提名需确认，不保证房源或个人结余。学生成本口径；预留住宿条件

必需条件、加分经历与申请

相关生命科学硕士／同等资格和良好英语为明确条件；经验是蛋白生化／生物物理实践，和／或计算结构预测与设计，不是两端同时强制。MPNN、AlphaFold、RFdiffusion等工具及相关实验经验为优先项，不能把清单改成全部必备。作品可解释个人研究责任、可复现性和证据局限，这是材料建议。岗位要求

2026年10月31日23:59 CET前经DC6中央入口申请，最多分别提交并排序3项，超过3项全部无效；登记兴趣不代替申请。备资格技术经历、各项目动机、CV、正式近期成绩、简短视频和2位学术推荐人，短名单收联系人、全面试后收推荐信。具体DC6表单字段及限制尚未确认，不用HIPP的300词上限代替。预计2027年3月左右开始，按接收方安排。申请；中央规则

中央权重为学术40%、潜力动机30%、沟通20%、国际经历10%；指示安排为11月初谈、12月上旬完整研究展示、12月底至1月决定，不代替个人通知。评估与阶段

下一步与待确认问题

申请前核荷兰流动、硕士、实验或计算研究证据、完整表单及英语和学历认定。面试落实起始材料数据、计算／生物物理职责、日常支持、第一年可完成贡献、DC10／DC5接口、具体GSLS项目和产业单位／IP。接受前明确法律雇主、净工资及补助、已承诺延续雇佣的时长工资、未定福利、受保护费用及附带成本、算力和外部课程预算、TSA、居留医保、住房押金与借调支出。专属岗位；MyPhD；费用规则

证据与来源

项目研究及有限论文解读来自2026年10月21日的既有资料，专属招聘、中央规则与书目核对来自10月22日的保存记录；这些日期不代表今天重新确认仍在招聘，也没有新增论文全文阅读。

项目与培养

• DC6 current dedicated vacancy
• ORFeus current call
• ORFeus central recruitment rules
• ORFeus network training
• Working at Hubrecht and international staff support
• Hubrecht HIPP separate recruitment programme
• Utrecht Graduate School of Life Sciences PhD
• GSLS current PhD programmes including CSDB
• GSLS compulsory doctoral training
• MyPhD formal admission and registration
• GSLS doctoral course fees and access
• QS Utrecht University current ranking
• Utrecht official position on rankings

导师与原始研究

• Sahtoe group: protein structure, mechanism and design
• Oncode Danny Sahtoe group
• Professor Owen Rackham, Southampton
• Reconfigurable asymmetric protein assemblies through implicit negative design
• Exploiting conformational dynamics to modulate the function of designed proteins
• Mask-prior-guided denoising diffusion improves inverse protein folding
• Hubrecht Single Cell Core and shared facilities

资金与生活

• Utrecht official living-cost guide
• Utrecht reserved housing for international PhDs
• European Commission DN fellows information Version2 June2024

论文书目与版本

• Science PubMed书目
• Science机构托管版本
• PNAS PubMed书目
• Nature Machine Intelligence 7(6)目录
• 2026出版社更正记录