ORFeus DC8：巴塞罗那微蛋白功能的进化预测博士

项目概览

ORFeus DC8在西班牙Barcelona的Hospital del Mar Research Institute（HMRIB-CERCA）研究如何利用进化证据预测微蛋白功能。Mar Albà教授负责指导，Freiburg的Simon Elsässer团队提供实验生物学与蛋白组学合作；博士授位合作方为Universitat Pompeu Fabra（UPF），不据合作指导推导德国雇佣或第二学位。

岗位为36个月全职有薪研究员，含完整社保和带薪假期；税前每月€2,749.48，另加€509.22流动补助，符合家庭资格者再加€473.36。中央延期截止为2026年10月31日23:59 CET，预计2027年3月左右入职、具体由接收方确定，当前受理与完整表单须确认。MSCA聘期内博士注册与学费由雇主承担；36个月后的完成支持未明确。

项目详情

许多新近演化的小开放阅读框能够翻译微蛋白，但翻译产物是否具有功能仍难判断。跨物种保守性、进化年龄和人群内部序列约束可以辅助预测，却不能单独证明具体功能；年轻序列不够保守，也不等于无用。DC8属于ORFeus工作包2，重点是把发现与功能证据连接起来。

博士开发计算模型，整合Ribo-seq、phylostratigraphy（进化年龄估计）、gnomAD和UK Biobank人群变异资料，结合DC12共享变异及DepMap数据评估序列约束。候选对象按证据优先排序，所得约束信息用于DC1的AI模型验证。年龄、约束、翻译、蛋白及表型证据应分别解释，模型分数不等同于已证实功能。

招聘还列CRISPR-Cas9癌细胞功能筛选，与实验伙伴检验预测，考察生长、药物抗性及DNA修复相关表型，结果衔接DC13癌症研究。这里的表型是研究类别，具体计算／实验职责和数据准备由团队落实；不能把所有实验技术设为申请前硬门槛。验证的软件、数据及科学报告将提交共享ORFeome平台。

约3个月产业借调将模型用于治疗相关研究，企业与地点尚未点名；另有独立学术顾问，以及可能的短期、主要线上交流。ORFeus为Horizon Europe下MSCA网络，资助协议101309891，15项互相衔接课题通过学校、技术工作坊、通用能力训练和国际会议协作，日程以网络实际安排为准。

Albà组位于PRBB的GRIB研究环境，研究新基因出现及癌症微蛋白表达。UPF已确认授位，但具体博士项目未定；相关Biomedicine为英语全日制4学年培养，不能因此承诺4年工资。如最终进入该项目，首年包括10场英语报告及原创摘要、科研诚信、英语研究训练计划、TAC项目答辩和指导承诺文件，并接受年度评估。正式注册路线与预计3月入职的衔接须落实，2026年9月结束的大学一般录取轮次不代表DC8招聘关闭。

申请要点

• 需生物信息、计算生物、遗传或相关定量／生命科学硕士或同等资格，扎实编程与数据分析，例如Python或R，并对进化基因组及大规模生物数据有兴趣。比较／进化基因组、Ribo-seq／新一代测序、人群变异、功能筛选和微蛋白经验为优势。

• 要求良好英语、跨学科合作和借调出行意愿。岗位与相关Biomedicine说明未给数值IELTS门槛，证明形式由校方确认，不自动豁免，也不自行增加西班牙语条件。

• 任何国籍可申请，录用时不得已有博士，包括已答辩等待授位者；无博士者科研年限不限。入职前取得博士准入学历并满足UPF正式等值审查；非欧洲高教区可按相当于西班牙硕士且在授位国可进入博士的路径核定，不能擅自将中国学分换成300 ECTS。

• 西班牙流动条件为录用日前紧接36个月，在该国居住或主要工作／学习累计不得超过12个月，恰好12个月不算超过；规定的兵役、短期度假和难民程序时间不计。

• 最多排序3项，每项单独申请且都会审理，超出3项使全部无效。准备资格与技术经历简短证据、项目动机、CV、近期正式成绩、短视频和2位学术推荐人；短名单收联系人，全面试索取推荐信。DC8保存的表单仍在加载，字数、视频和文件限制待核，兴趣登记不代正式申请。

• 中央权重为学术40%、潜力动机30%、沟通20%、国际经历10%；11月初谈、12月上旬研究展示、12月底至1月决定均为指示安排，与UPF正式入学分别处理。

• 基础额与流动项算术合计€3,258.70；符合家庭项时合计€3,732.06，均为税前，尚需扣个人税与社保，也不据此假定全年发薪次数。带薪休假已列，净薪、家庭资格和36个月后续支持须书面确定。

• 欧委会DN fellows information（2024年6月第2版§6.2）规定博士注册／学费由雇主RTN经费支付，不向研究员收费；行政、外国学历审查、答辩文凭及聘期外费用另核，不能把大学整张价格表当成个人缺口。MSCA费用保护

• 截至2026年10月22日的UK Biobank资料显示新访问申请暂停、计划年底前恢复；这是当时状态，不代表今日已恢复或DC8关闭。应确认团队已有授权、受限平台、算力及费用，不能把公开汇总数据和受控个体资料混用。数据访问申请；访问规则

• Mar Albà官方邮箱malba@researchmar.net；Simon Elsässer合作邮箱simon.elsasser@bio.uni-freiburg.de；Simon Venneman负责网络招聘联系。Albà团队；Freiburg资料

需要进一步确认

申请前核西班牙流动、学历英语、完整表单及UPF录取轮次；面试确定“功能”评价、可用数据、计算实验分工、指导与产业单位；接受前落实法律雇主、费用支付、36个月后完成支持、税社保与发薪、签证医保、Barcelona住房押金和借调差旅／知识产权。

ORFeus DC8：用进化与人群证据预测微蛋白功能

快速判断

DC8有清晰的计算主线：以进化年龄、序列约束、人群变异与翻译数据预测微蛋白功能，再与癌症实验伙伴检验。它适合相关硕士、扎实编程及生物数据推理背景的申请者；不要求入学前掌握全部实验筛选，也不能理解为完全不接触实验证据的软件项目。HMRIB在Barcelona接收，UPF授位，Albà指导，Freiburg的Elsässer提供互补合作。

综合判断为“有潜力，但存在重要待确认事项”。36个月税前基础月额€2,749.48，另加流动€509.22及按资格家庭€473.36；聘期内注册学费受MSCA保护，但完成支持超过36个月后未落实。截止沿用2026年10月31日23:59 CET中央延期，预计2027年3月左右入职。应优先核正式UPF路线、数据授权和资金支持怎样衔接到完成博士。DC8岗位；中央申请；博士费用保护

研究问题与博士工作

近期产生的微蛋白可能功能尚未被注释，也可能只是偶发翻译产物。跨物种保守性、人群内部约束和翻译证据能辅助判断，却不可互换：年轻序列不保守并不必然无用，被翻译也不等于已证明某种细胞功能。DC8在ORFeus工作包2建立进化预测框架，将模型校准和验证作为科学问题。

具体研究工作	方法与合作产出
建立功能预测模型	整合Ribo-seq、进化年龄估计phylostratigraphy、gnomAD／UK Biobank变异及DC12共享变异和DepMap数据，分析序列约束
候选排序与模型检验	优先选择可验证的微蛋白，将进化约束资料反馈给DC1的AI模型验证
与癌细胞功能研究衔接	招聘列CRISPR-Cas9筛选这一方法类别，研究生长、药物抗性和DNA修复表型，相关结果连接DC13
形成共享成果	将验证的软件与数据提交ORFeome并完成科学报告

个人实验职责和伙伴支持的比例未定，计算模型、翻译信号、蛋白证据和实测表型应分别解释；模型分数不是功能定论。候选的进化年龄、人群代表性、功能标签稀缺及模型推广范围都会影响评价，不能自动把未翻译或不保守对象设为阴性。首年应明确软件所预测的“功能”含义、训练与评价证据及可检验里程碑。工作职责；研究方向

约3个月产业借调将计算模型用于治疗相关研究，但企业和地点未点名；另有独立学术顾问及可能的短期、主要线上交流。潜在成果是校准更好的预测软件和范围清楚的数据资源，不能保证临床产品、固定发现量或后续企业职位。借调；网络训练

数据是否具备使用条件

截至2026年10月22日的UK Biobank资料显示，新访问申请因平台调整暂停，计划2026年晚些时候恢复，并优先处理合规的已有项目。这是明确日期下的状态，不能当作今日已恢复或2027年入职时一定可用；数据申请暂停也不表示DC8招聘关闭。机构既有批准、受限RAP分析平台和公开汇总资料是不同访问条件，须确认团队授权、数据就绪、云与算力费用及延迟时的替代资料。访问申请状态来源；受控数据规则

gnomAD的2023年v4发布记录说明样本多样性增加，但祖源比例仍不均衡；这只是该版本背景，不是当前最新数据清单。人群频率也不能直接证明翻译或因果功能。gnomAD v4资源说明

学校、学科与培养

HMRIB为Barcelona的CERCA生物医学研究机构，科研及雇佣接收归属已明确，合同仍须列法律雇主。UPF为本博士授位合作方。Albà组位于PRBB的GRIB生物医学信息学环境；Elsässer的Freiburg合作不建立德国雇佣、Freiburg学位或联合／双学位。岗位机构关系；Albà组；Freiburg合作方

UPF官方QS2027综合名次263，学科汇总列US News2025分子生物与遗传第82、THE2026医学与健康前200。这些是不同年份的学校或广义学科信息，不能排名HMRIB实验室或微蛋白进化预测；更直接的依据是组内比较基因组、转录组、癌症微蛋白工作及下述原始研究，细分方向数字名次未核实。QS整体；学科范围

岗位只确认UPF，尚未点名具体博士项目。Biomedicine是值得核对的相关路线：Department of Medicine and Life Sciences提供英语全日制4学年研究培养，涵盖Evolutionary Biology／Complex Systems与Biomedical Informatics。这既不证明DC8已分配至该项目，也不将36个月合同变为4年工资。Biomedicine项目背景

非欧洲高教区学历可按相当于西班牙大学硕士、且在授位国可进博士的路径交UPF审查；通用本科＋硕士、300 ECTS路线不宜直接转换中国学分。Biomedicine还需项目说明、tutor／导师文件及科研资金声明；中文学位成绩如无可接受版本，须按要求提供宣誓翻译。通用允许已有博士者的入学路径不取消本岗MSCA无博士条件。UPF博士准入；导师及资金文件

如果最终进入Biomedicine，线下英语培养和年度考核均适用。首年包括10场英语研究报告及原创摘要、Science in Action科研诚信、英语研究训练计划、TAC项目答辩和含指导、争议及知识产权的承诺文件；年度通常5月31日提交，负面结果可再评估，第二次负面或未提交可导致退出。非通常入学时点的评估安排要单独确定，未标年份的课程日期不能直接当2027日程。首年训练；年度评估；学术程序

已公布的2026/27 Biomedicine预录取轮次于2026年9月1日结束，与ORFeus约2027年3月、由接收方确定的入职是两套日程。较早大学轮次不表示DC8关闭；录取注册窗口、tutor、资金文件和雇佣注册顺序须由接收方衔接。ORFeus网络学校、工作坊、会议及借调补充本地培养，具体日程可能调整。UPF录取日历；网络培养

导师、相关论文与研究条件

Mar Albà组研究新基因演化出现和癌症中的微蛋白表达，使用比较基因组、转录组、长读长与Ribo-seq。团队页列博士、博士后、技术与硕士角色，邮箱malba@researchmar.net；它说明已有研究活动，不等于未来完整人数或指定了日常导师。Elsässer为Freiburg Institute of Biology II的W3教授，提供基因组、蛋白组和微蛋白专长，邮箱simon.elsasser@bio.uni-freiburg.de，旧瑞典任职不作为本岗接收地依据。Albà人员与联系；Elsässer机构资料；研究成果清单

三篇原创研究的贡献与局限

新复制与推定de novo基因进化轨迹研究（2023）比较酵母与果蝇，说明早期约束较低、周转较高，后续阶段趋稳。它支持年龄和约束推理，却不能直接分类人癌症微蛋白。Albà为第4位末位、通讯作者。论文PDF；出版记录

Yoruba人群de novo ORF研究（2024）在65个个体来源淋巴母细胞系中，观察2,587个至少在一个细胞系有翻译证据的de novo ORF，控制翻译水平后仍较经典ORF差异大。它支持重视人群代表性，而非证明所有ORF功能或可推广至任意祖源、组织、癌症；Vara、Montañés、Albà依次署名，Albà末位通讯。人群研究PDF；出版记录

肝癌微蛋白研究（2024）整合117份肿瘤及匹配组织RNA资料与翻译、免疫肽组证据，估计该背景约40%的肿瘤特异候选抗原可能来自非经典ORF。比例不是所有微蛋白的功能率、所有癌症结论或临床疗效。Albà为11位作者中的末位，与Puri Fortes、Júlia Perera-Bel共同通讯，不是第一作者。肝癌研究PDF；机构书目

三者为不同DOI原创论文，Elsässer未列入这些作者名单；版本与机构副本不重复计数，不同DOI也不保证底层数据互相独立。前两篇解读主要依标题、作者、摘要及引言，肝癌论文限标题、作者、摘要和首页信息，均未以完整方法和补充材料为依据。变异保守、翻译、抗原呈递及生长表型回答不同问题，不能直接互换成同一种“功能”标签。

论文与团队活动支持计算／实验互补关系，不保证专属GPU／CPU、DepMap版本及时可用、筛选容量或导师投入比例。面试要落实每项责任、立即可用资料及伙伴延迟时的推进方式。

申请资格、资助与Barcelona预算

要求和优先经验

硬条件是相关生信、计算生物、遗传或定量／生命科学硕士及同等资格，扎实编程和数据分析（如Python／R）、进化与大型生物数据兴趣、良好英语、合作及出行意愿。比较进化、Ribo-seq／新一代测序、gnomAD／UK Biobank变异或癌细胞筛选经验属优先；不把筛选经历升为每名计算申请者硬门槛。岗位和相关Biomedicine说明未给数字IELTS要求，英语证明须校方确认，不自行添加西班牙语门槛或假定豁免。岗位要求；相关项目准入

任何国籍可申请；录用时不得已有博士，包括答辩后待授位者，其余科研年限不限。西班牙是流动接收国：录用前36个月居住或主要工作／学习不得超过12个月，恰12个月不算超出；规定的兵役、短期度假和难民程序时间不计。学历、正式录取、流动、签证许可需分别满足，获得申请资格不代表已获准入境。资格及流动

税前分项与完成支持

36个月全职雇佣含完整社保和带薪假期。基础月额€2,749.48，明确另加€509.22流动，合计€3,258.70；符合家庭资格再加€473.36，合计€3,732.06。都是税前算术结果，需扣个人所得税及社保，不是净薪或已确认的全年发薪次数。家庭条件、支付安排与个人工资单须按实际合同确定。工资分项

本岗没有接收方在36个月后继续雇佣至完成学位的承诺；其他单位的延续条款、4学年大学框架或科研资金声明都不能代替DC8书面支持。应明确能否延续、雇主、时长、金额和条件，并形成可完成的注册与资金计划；未核实专属额外奖项。合同范围；学术时限与项目背景

学费保护和附带收费

欧委会DN fellows information 2024年6月第2版§6.2规定，聘期内博士注册／学费由雇主Research, Training and Networking经费支付，不向研究员收费。岗位未逐项写学费减免，不表示存在个人缺口。MSCA费用规则

UPF普通博士标价列年度thesis tutorial €401.12（包括提交论文当年）、行政€69.80、未获homologation的非西班牙学历入学€218.15、答辩权€156.87、博士文凭€218.15。这是收费分类，不是个人账单；需确认受保护项目怎样支付，行政／学历审查／答辩文凭及36个月后成本如何归类覆盖。该价格页无清楚学年版号，不应当作确定的2027发票。UPF博士费用

生活成本和职业方向

UPF2026/27交换生表列合租€350–500/月或宿舍€500–800，另食品€300、交通€50、其他€200。表中总额€800–1,050和€950–1,350下限与分项不符；相加应为€900–1,050和€1,050–1,350。这是学生指南算术核对，非2027员工实测报价。真实租金、账单、医保、家庭、押金、初到及借调费用都可能不同，住宿合作优先也不保证房间或价格。需取得当前房源，按全年净薪预算，不从税前工资直接扣整张大学价格表或承诺结余。生活指南；住宿资源

可能迁移的能力包括进化基因组、生信、科研软件及生物技术研究。Biocat2025报告列加泰罗尼亚广义生命科学／医疗行业1,650家企业、94家研究机构、超306,000个岗位，93.4%的企业在Barcelona省；这些统计远超基因组博士就业范围，不能作为本岗职位数、就业率或薪资预测。区域行业报告

申请流程与待确认事项

中央延期截止2026年10月31日23:59 CET，最多排序3项、每项分别提交且都会审理，超出使全部无效。准备资格与经历证据、项目动机、CV、正式近期成绩、短视频及2位学术推荐人；短名单收联系人，全面试索取推荐信。DC8保存的表单尚未加载出完整字段，字数及上传限制需在递交前检查，兴趣登记不代申请。中央要求；招聘安排

学术40%、潜力／动机30%、沟通20%、国际经历10%为中央评估权重；11月初谈、12月上旬研究展示、12月底至1月决定是指示日程，和UPF正式录取分别衔接。可用一项计算研究说明数据来源、进化问题、个人代码责任、误差及结论边界，展示获准公开的代码／可复现分析，而非另提干预方案或披露受保护数据；这是准备建议，不是额外录取条件。评分流程

• 申请前：核西班牙流动、硕士与无博士条件、中国学历英语路径、当前受理和完整表单；问清哪个UPF项目及轮次衔接预计3月入职。
• 面试时：明确“功能”的定义、训练／评价证据和首年里程碑，落实DC12／DepMap、UK Biobank授权及平台费用、延迟替代数据、Albà／Elsässer分工、DC1／DC13接口和产业借调单位。
• 接受前：书面确定法律雇主、36个月及其后完成安排、工资分项和扣款、MSCA保护费支付与其他收费、科研训练预算、借调住房差旅／知识产权、移民保险及当前租房押金。

岗位；学历准入；大学录取轮次；数据访问；费用保护

证据与来源

招聘、学位与培养

• DC8 current official vacancy
• ORFeus current extended application call
• ORFeus central recruitment rules
• ORFeus network doctoral training
• UPF Biomedicine doctoral programme context
• UPF official doctoral eligibility
• Biomedicine admissions and supervision funding letter
• Biomedicine annual academic assessment
• Biomedicine supervision and academic procedures
• UPF QS2027 official overall ranking
• UPF relevant subject ranking context
• UPF current published doctoral pre-enrolment calendar
• Biomedicine first-year training requirements

导师、论文与数据

• Mar Alba evolutionary genomics lab
• Alba current team and contact
• Alba published research list
• Simon Elsaesser current Freiburg profile
• Evolutionary trajectories of new genes primary study
• Yoruba de novo ORF population primary study
• Noncanonical microproteins in liver cancer primary study
• UK Biobank current access application status
• UK Biobank responsible data access
• gnomAD v4 official resource release

资金、成本与职业

• UPF published doctoral fees
• UPF2026/27 living-cost factsheet
• UPF accommodation guidance
• Biocat2025 regional life-science and healthcare report
• European Commission DN fellows information Version2 June2024

完整书目与日期

• José Carlos Montañés；Marta Huertas；Xavier Messeguer；M. Mar Albà。Evolutionary Trajectories of New Duplicated and Putative De Novo Genes。Molecular Biology and Evolution，40(5)，msad098。DOI：10.1093/molbev/msad098。首次在线2023-05-04；期次2023-05。对应原文记录

• Covadonga Vara；José Carlos Montañés；M. Mar Albà。High Polymorphism Levels of De Novo ORFs in a Yoruba Human Population。Genome Biology and Evolution，16(7)，evae126。DOI：10.1093/gbe/evae126。首次在线2024-06-27；期次2024-07；排版日期2024-07-03。对应原文记录

• Marta E. Camarena；Patrick Theunissen；Marta Ruiz；Jorge Ruiz-Orera；Beatriz Calvo-Serra；Robert Castelo；Carla Castro；Pablo Sarobe；Puri Fortes；Júlia Perera-Bel；M. Mar Albà。Microproteins encoded by noncanonical ORFs are a major source of tumor-specific antigens in a liver cancer patient meta-cohort。Science Advances，10(28)，eadn3628。DOI：10.1126/sciadv.adn3628。首次在线2024-07-10；期次2024-07。对应原文记录