基于氢氘交换与羟基自由基足迹法的蛋白质结构表征研究

【项目介绍】 本博士项目将开发并优化氢氘交换质谱和羟基自由基足迹法实验方法，特别关注将离子迁移轨迹整合到数据采集过程中。项目旨在改进样品制备、质谱采集策略和下游数据处理，以获得对蛋白质动力学的高置信度结构解析。项目还将开发在蛋白质结构上导出、处理和可视化HDX和FPOP结果的方法，为学术和工业应用提供可访问的框架。

博士候选人将致力于优化自动化样品制备以实现可靠且可重复的操作，调整UPLC分离方法，并优化timsTOF仪器参数以获得稳健的定量质谱数据。数据处理将涉及开发脚本将原始文件转换为适合下游分析的文本格式，随后进行人工验证以建立后续AI驱动方法的基准。可视化策略将设计用于将HDX和FPOP结果映射到PDB结构上，提高结构蛋白质组学实验的可解释性。

本研究将为HDX和FPOP数据处理提供可靠的软件和工作流程，实现对复杂数据集的简化解释。研究成果将增强基础研究中对蛋白质结构和动力学的理解，同时提供在药物研发和生物制造中具有潜在应用价值的方法。

【申请要求】 理想的候选人应对结构蛋白质组学、质谱和计算数据处理感兴趣。较强的分析能力和在实验方法开发与数据解释交叉领域工作的动力将是成功的关键。

【资助信息】 该博士职位作为玛丽·居里博士网络项目的一部分获得全额资助。聘期为36个月（全职）。资助包括全额薪资、流动津贴和家庭津贴（如符合条件），符合MSCA-DN规定。该职位对任何国籍的申请人开放，但须遵守MSCA流动规则：候选人在招聘日期前的3年内，在东道国居住或从事主要活动（工作、学习等）的时间不得超过12个月。

【其他重要信息】 博士培训将辅以国际交流。第一年，在CRG进行为期两个月的实习，重点关注结构蛋白质组学的靶向质谱采集方法。第二年，在FHOOE进行为期一个月的交流，重新设计FPOP数据分析的搜索引擎工作流程。第三年，在Bruker进行为期一个月的实习，将开发的工具实施到商业软件中，连接学术创新与工业应用。

如有兴趣，请通过ProtAIomics网站申请：https://www.protaiomics.eu/——资格标准和申请表可在线获取。