EASTBIO博士项目：基因组时间序列与生物多样性的深度学习

项目概览

圣安德鲁斯大学生物学院的EASTBIO课题研究种群怎样适应不断变化的环境，把进化模型、基因组时间序列和深度学习结合起来。Carolin Kosiol与Rui Borges为具名导师。课题计划分析选择作用下等位基因频率随时间的轨迹，在模型中纳入环境变化先验，跟踪适应过程中的基因频率变化。研究希望进一步用于生物多样性预测；这属于拟研究目标，公告没有证明已经达到预测能力。

项目详情

进化生物学长期关注环境变化中的种群适应。过去研究人员往往只能测序少量个体，而且只观察一个时间点。随着基因组测序成本降低，现在可以分析多个个体及多个时间点的数据。团队已开发多态性敏感的系统发育模型（Polymorphism-aware phylogenetic models，PoMos），同时利用物种间与物种内的信息。公告引用Braichenko、Borges和Kosiol的2024年研究以及Borges等2022年工作，作为已有方法的背景。

多时间点样本可能来自自然史博物馆，也可能是受控实验室种群的连续多个世代，或从野外持续收集的不同样本。这些是可采用的数据类型，具体数据集和个人访问权没有确定。博士生拟开发深度学习模型，分析自然选择下的等位基因频率轨迹，把已知环境变化信息纳入推断，使模型能够追踪适应过程中基因频率如何改变。

团队此前研究过时间基因组数据，尤其是果蝇实验进化资料；介绍引用Topa等2015年工作以及Barata、Snook、Ritchie和Kosiol的2023年研究。团队还开发了基于频率、类似PoMo的时间序列方法Bait-ER，用于检测选择作用的目标。课题计划调整这一方法，把它嵌入深度学习框架，并与团队已有自然选择研究结合。这里描述的是方法拓展计划，不能把已有方法的效果直接当作新深度学习方法已获验证。

拟议流程首先通过模拟过程生成数据，使模型能够考虑不同物种的复杂空间结构与人口历史情景；随后用模拟数据训练卷积神经网络（CNN）。再将CNN用于真实数据，既区分进化过程，也估计PoMo模型参数。介绍强调深度学习有望推断过去事件并预测未来生物多样性，但没有给出网络结构、数据规模、精度、算力或成功标准。这些技术安排应在定题时明确，不能自行补成申请者必须已有的技能清单。

申请要点

申请说明指向EASTBIO官方网站。先下载并完成平等、多样性与包容性调查，再下载并完成EASTBIO申请表；同时在圣安德鲁斯大学在线门户提交申请，课程选择“PhD with internship”。在线申请须包含EASTBIO申请表、学历材料、适用情况下的英语资格证明以及两份推荐。

两份推荐必须使用EASTBIO Reference Form。申请者应把该表发给推荐人；推荐人可通过系统自动邮件提供的方式直接上传，也可发至Rachel的邮箱pgrecbiology@st-andrews.ac.uk。项目科学问题可咨询具名导师，申请流程问题由Rachel Horn负责。原始介绍另提供UKRI资格及国际／欧盟申请规则链接，但没有列出固定编程语言、英语分数或必须拥有硕士学位，不能把研究建议改写为原公告硬性要求。

【当前官方核查补充：2026年10月12日】

具名项目公告给出2026年11月16日截止，具体时刻及时区未见。中央流程安排从10月19日起公布项目，当前已看到2027表格链接及该项目公告，但未核实个人申请是否已能提交。申请表下载被浏览器权限拒绝，未取得文件，表内未观察字段保持未知。EDI调查开放至11月17日不能当作申请延期。当前资助是四年竞争性学生奖学金；若获奖，圣安德鲁斯大学明确承担Home与国际学费差额。国际学生奖项上限为总奖项的30%，不能解读为中国人的录取概率。2026–27 UKRI最低津贴为£21,805，2027–28金额尚未在已读表中公布，签证及IHS不在该资助覆盖内。

需要进一步确认

需确认截止时刻、正式提交阶段和2027津贴，以及个人学历等效、英语、学费身份与签证／ATAS条件。申请前还应确认时序数据来源、数据访问、模拟模型的生物假设、CNN与进化模型的验证方式、计算资源及两位导师的指导分工。EASTBIO只允许跨合作机构选择一个项目，应在确认匹配后决定；目前可准备材料，不能称已获提名、奖项或正式提交成功。

圣安德鲁斯大学博士研究报告：基因组时序数据与深度学习

项目面向2027年入学；EASTBIO中央项目广告安排从2026年10月19日开始。截至10月12日，尚未核实是否已能正式提交申请。

是否值得申请

如果你希望把群体遗传学推断与机器学习结合，也愿意认真解释模型的生物学假设，这个课题值得考虑。它是圣安德鲁斯大学生物学院的四年制博士项目，通过EASTBIO竞争资助。具体广告列出的导师是Carolin Kosiol和Rui Borges。获奖后，学校明确承担英国本地与国际学生的学费差额。中国申请者原则上可以参加面向全球的竞争，但仍须满足学历、英语、学费身份和移民条件；符合申请资格，并不等于得到导师提名或奖学金。

具体项目广告写明，截止日期是2026年11月16日，星期一。当前中央指南安排从10月19日刊登项目，但10月12日已能看到这个课题广告及2027年申请表、推荐表链接。因此，可以按已公告、即将进入正式广告阶段的机会提前准备，不能据此宣称现在已确认可以提交。已读招聘正文未给出截止时刻或时区。EDI调查开放到11月17日，也不代表申请截止日顺延。原采集记录按10月6日的Updated更新时间纳入本次窗口，首次发布日期尚未独立核实。当前申请指南

本次已完整读到大学在来源平台刊登的课题正文，并用两位导师的学校页面核对身份。尚未找到学校原生网站上另一个完整复现此标题的课题页，因此不能把平台广告说成已经找到的独立校内课题页面。现有导师身份、学术联系和圣安德鲁斯提交路径彼此一致，这一来源差别本身也不能证明项目无效。Kosiol学校主页

博士期间要解决什么问题

课题研究选择、环境变化和群体结构怎样影响等位基因频率的时间变化。广告提出扩展PoMo等多态性感知模型，并将其与深度学习结合。按现有任务理解，可以先模拟包含空间或人口统计复杂性的进化过程，再训练卷积神经网络识别过程或估计参数，最后对照真实的基因组时序观测检验推断。这是对广告科研任务的分析，不是学校承诺的博士进度表。

潜在资料包括历史标本、受控的世代序列，以及对野生群体的重复采样。广告没有保证任何具体数据集、采样设计或使用协议。选题前应先问清已有资料的时间点、测序质量及获取权限，以及博士有多少工作依赖新增材料。预测生物多样性变化是研究目标；下面的现有方法尚不能证明已经能够可靠预测整个生态系统。

值得深入的问题是模型失配。神经网络在训练模拟中能正确恢复标签，仍可能因真实资料的群体大小、迁移、连锁或观测噪声不同而作出错误推断。博士工作需要检验这些差异下的稳健性，并区分生物过程本身的不确定性与测量造成的不确定性。团队的方法可以提供机制模型基准，用来评价神经网络是否有帮助；不能预设网络会改善所有推断任务。实验室成员与研究方向

近期原创论文能提供什么依据

Braichenko、Borges与Kosiol，2024年，RevBayes中的PoMo模型。 论文采用连续时间Moran过程、边界突变、定向与平衡选择，在RevBayes中开展贝叶斯推断。已读模拟校准与生物学结果段落展示了参数恢复及果蝇某基因组区域的应用；同时估计选择和GC偏向基因转换时，参数相关性和不确定性会增加。讨论还指出基因转换强度可能高估，虚拟群体参数与生物学量之间的对应仍有困难。对申请者而言，加入机器学习后仍须保留这些可辨识性问题。Kosiol是通讯作者，Borges和Braichenko是共同作者；所读部分没有找到个人任务贡献声明，因此不指定谁负责代码或分析。本次读了选定方法、结果、讨论与致谢，没有通读全部补充材料，也没有运行复现。出版社原文

Barata、Borges与Kosiol，Bait-ER，2023年期刊卷期，2022年12月首次在线发表。 该贝叶斯方法描述等位基因频率轨迹和混池测序观测噪声，估计选择系数，并用贝叶斯因子比较选择与中性情形。已读基准结果支持其应用价值，但不能据此说它始终更准确或更快。较低初始频率、强漂变、群体大小设定错误以及未建模的连锁仍会造成困难，错误的有效群体大小可能增加假阳性。贡献声明明确：Borges开发框架和软件；Barata与Borges承担模拟与测试；Barata负责基准比较、真实数据分析并主导写作；三人共同参与构思和修订。这能支持Borges的方法与软件角色，不能把Kosiol说成主要程序作者。本次读了方法、基准、局限与贡献，没有读补充文件。论文原文

Borges，2025年，突变假设与有效群体大小。 这篇独立署名原创研究用位点频率谱、有限群体采样和贝叶斯估计，对比边界突变与重复突变模型。已读模拟结果显示，拟合时采用错误突变模型会明显高估有效群体大小，增加样本也不必然消除模型偏差。讨论保留了中性、平稳等假设，也指出未纳入选择或突变偏向。它对本课题的启发是，在把轨迹解释为适应之前，先检查模拟是否合理；它没有展示卷积网络结果，也不意味着博士将研究细菌实验。贡献声明明确由Borges提出想法、设计方法、分析数据并写作。Kosiol仅列于致谢，不是共同作者。本次读了已发表PDF的选定方法、结果、局限和贡献，未运行代码或补充材料。作者存档的发表版本

这三篇近期原创为具体导师团队的方法研究提供依据。2025年有关系统发育与深度学习的综述没有计入原创论文。PoMoBalance教程可作为学习资源，但其说明要求使用开发分支，不能据此确认当前稳定版本已经支持全部功能。软件可获取、团队曾使用计算设施，也不等于新博士已获得专用GPU或计算经费。作者维护的教程

学校、学科与培养

学位授予方是位于英国苏格兰的圣安德鲁斯大学，招聘单位是生物学院。比较这个机会时，应重点看进化基因组学、定量生物多样性研究及统计学合作，而非把它当作通用人工智能博士。学校生物学页面披露，REF 2021中84%的研究活动获评3星或4星。页面的2023年学科指南排名属于历史、本科导向的参考，不能当作当前博士排名或导师培养质量指标。生物学学科信息

生物学院的研究学位说明包括早期文献综述、约九个月时的重要进展考核、后续年度评估，以及论文和口试。学院也安排技能培养和不同阶段的学生研究展示。具体项目的指导频率、考核标准和可选课程仍需确认。生物学博士培养结构

EASTBIO提供跨实验室的博士群体和职业发展支持。已读2026–27手册部分描述四年培养安排，以及非CASE学生的三个月职业实习；CASE实习另有安排。本课题广告未确认CASE属性。手册可作为近期培养背景，但不能保证2027年的模块、实习补助和日程完全相同。研究支持经费用于合规的科研及培训支出，不能计入个人可自由支配的生活费。2026–27培养手册

导师环境与方向前景

Kosiol的学校职务是生物信息学Reader，研究横跨进化生物学、数学和计算机科学。Borges的学校统计学页面列出群体遗传学、系统发育、贝叶斯推断和生物信息学，也列有他与Kosiol共同指导的现有博士生。这能直接支持本课题的生物学与统计学合作背景，但不能确认本岗位的具体分工、每周会面安排或第二导师投入时间。统计学教师与博士研究

实验室列有从事相关进化模型的博士生，也列出部分毕业成员之后的科研岗位。这些个案说明团队有相应研究联系，但没有完整统计分母，无法推算毕业率、毕业年限或就业率。申请者应问清谁能日常指导神经网络实现、生物学与统计学建议如何协调，以及学生主要在哪个学院开展工作。

相关训练可能服务于进化基因组学、科研软件、定量生态学或统计数据科学。这是基于技能的判断，不能用来预测职位需求或工资。实习有助于了解非学术工作，但不保证接收单位或就业。如果你的主要目标是商业深度学习工作，应先判断自己是否愿意投入生物学理论、统计推断与博士论文发表。

资助与实际生活预算

这是竞争性奖学金，尚未给任何具体申请者承诺资助。获奖后，项目广告提供四年UKRI标准津贴和英国本地学费，并由圣安德鲁斯大学承担本地与国际学费差额。中央FAQ也确认，获奖国际学生不用承担这部分学费补差；签证费和移民健康附加费不在资助范围内。未来如果只得到未附资助的大学录取，不能按上述奖学金预算生活。资助与资格问答

当前UKRI公布的2026–27年度最低津贴为每年£21,805，从2026年10月1日起适用，本地学费资助标准为£5,238。本次读取的年度表没有公布2027–28津贴。 每年标准可能调整，不能据此计算四年固定总额。津贴属于学生支持，本报告不将其换算成保证工资或个人税后到手收入。UKRI当前年度标准、学生支持

学校用于美国助学贷款管理的2026–27研究生就读成本估算列出：住宿或租金、水电与食物£14,313；52周个人开支£5,200；旅行£2,000；书籍与电脑£1,200。不含学费的年度合计为£22,713，约每月£1,893。与同年度£21,805津贴相比，示例差额是每年£908，约每月£76。这只是预算比较，既非租约报价，也非预测2027年一定缺多少钱。部分项目为一次性或可压缩支出，个人租金、旅行和家属费用可能明显不同。同一学校表中的签证与健康附加费示例合计£4,050，也不能作为已确认的2027移民费用或获批签证期限。有明确年度的学校预算

已读手册列出前三年每年£5,000、第四年£1,000的研究培训支持，经费所在部分的津贴年度标题还存在不一致。它们是历史批次的科研支出规定，2027年具体额度和可报销范围仍需核对，不能用来补个人房租。UKRI一般规则允许国际学费差额采用不同安排，而本课题明确由圣安德鲁斯承担，应以这个更具体的承诺及最终奖学金文件为准。UKRI培训资助规则

中国申请者的资格与准备

项目面向全球。国际奖学金最多占30%的资助名额，并受到合作学校分配约束；这个比例不是中国人的录取率。常规学历要求是英国二等一本科或国际同等学历，硕士并非统一必需条件。特殊背景依据公开规则个别评估。获得奖学金和满足大学录取条件，是需要分别通过的环节。

学校中国资格页面给出的研究生一般最低标准是认可院校本科学历、成绩78%，具体还取决于学校和项目。不能据此认定所有78%的本科成绩都满足本课题二等一等值要求。申请时应通过正式招生路径提交学历信息，以书面评估为准。中国学历要求

生物学通常参照英语Profile 3-D，其中雅思示例为总分7.0、单项6.5。研究生中央语言规则和最终录取文件决定具体标准、认可考试及是否可豁免。可能允许在最终语言证明尚未取得时先申请，但录取仍可附带语言条件。也不能假定所有中国申请者都必须参加相同的UKVI考试。研究生语言政策、Profile 3-D

学术准备最好能展示概率统计、编程和可复现分析能力，同时说明你理解群体遗传学。可以准备一个假设或采样方式影响结论的推断案例，以及一个验证方式超出随机训练测试划分的机器学习案例。这是准备建议，不是新设的入学硬条件。以描述性研究为主的生物学申请者，需要说明如何补上计算训练；计算背景申请者，则应说明自己愿意学习进化理论。

移民方面，当前伦敦以外学生的生活资金证明标准为每月£1,171，最多计九个月，即£10,539，另计适用的未付学费。正式资助证明及个人适用的材料规则都需要核对；这一签证证明门槛不能替代全年生活预算。中国不在ATAS国籍豁免名单中。本博士是否需要ATAS，仍取决于具体学科代码及个人录取、CAS信息，不能只凭“生物学”或涉及AI就作决定。作出移民相关承诺前，应给学校确认留出时间。学生资金证明规则、ATAS规则

申请流程与下一步

具体课题广告要求通过圣安德鲁斯门户，选择PhD with internship，提交EASTBIO申请表、学历资料、适用的英语证明及两份EASTBIO推荐表。中央规则规定，跨所有合作学校只能申请一个EASTBIO项目。推荐人可以是学术或职业推荐人，但不能是本课题导师，推荐材料通常也须按截止日到达。指南明确不接收逾期申请；如果推荐材料延误，需要学校书面同意任何特殊处理。FAQ说明额外CV或未要求的资料不会纳入考虑，不能把科研准备变成自行增加的必交上传项。本地管理员为Rachel Horn，pgrecbiology@st-andrews.ac.uk。学校研究学位申请说明

遴选流程依次包括学校资格与材料审核、导师提名、中央筛选和面试。导师通常提名一人，CASE项目可能提名两人。当前批次日程列出1月18日提名、2月22日发面试邀请、3月8日所在周面试，以及3月22日所在周决定。由于表格只印月日，这些1月至3月节点的2027年份来自2027入学批次语境推定。EASTBIO注明10月1日开始；预期2027年10月1日的批次起点，仍须在接受录取前与学校注册日历协调。遴选流程与日期

需要比较的方面	当前判断	哪些信息会影响决定
学校与培养	生物学、统计学合作契合课题，配有博士群体训练	2027具体课程、考核与实习安排
导师与实验室	进化模型方向匹配，有近期方法研究依据	指导分工、计算指导人员与投入
科研方向	模型稳健性问题有价值，可对照统计基准	数据获取、参数可辨识性与模拟到真实资料的迁移
资金与生活	获奖后国际学费差额由学校承担，2027津贴未知	奖学金书面条件、年度标准、住房和个人储备
申请者准备	适合定量能力强的生物背景，或愿意进入生物学的计算背景	个人学历、语言等值及推断能力证明
风险与行动	为未来正式阶段准备，不宣称已提交或获奖	截止时刻、门户可用性、ATAS代码与资源确认

在确定唯一可申请的项目前，建议问清：已有且可使用的时序数据是什么；谁日常指导深度学习实现；实际分配多少计算资源；目标观测能辨识哪些生物参数；截止时刻与时区是什么；2027–28津贴与研究额度是多少；最终资助是否确认四年国际学费差额；个人适用哪种学历等值、英语标准和ATAS代码。

目前建议是提前准备，待已公告的申请路径正式可用时考虑申请。前提是你确实适合定量科研方向，并在最终资助文件中确认经费条件。本次报告使用24个按已记录范围实际读取的有用来源，旧23来源包仅作线索。三篇原创读到了选定的实质段落，没有声称完整读取全部补充材料或运行复现。官方申请表下载被浏览器安全权限拒绝，未换渠道获取，因此尚未看到的表内详细字段及可能包含的截止时刻继续保持未知。

证据与来源

• 当前申请指南
• Kosiol学校主页
• 实验室成员与研究方向
• 出版社原文
• 论文原文
• 作者存档的发表版本
• 作者维护的教程
• 生物学学科信息
• 生物学博士培养结构
• 2026–27培养手册
• 统计学教师与博士研究
• 资助与资格问答
• UKRI当前年度标准
• 学生支持
• 有明确年度的学校预算
• UKRI培训资助规则
• 中国学历要求
• 研究生语言政策
• Profile 3-D
• 学生资金证明规则
• ATAS规则
• 学校研究学位申请说明
• 遴选流程与日期